Madagascarin pingviinit on amerikkalainen DreamWorks Animation -yhtiön tuottama tietokoneanimoitu 3D-toimintakomedia. Elokuva on suositun Madagascar -elokuvasarjan sivutuote ja sijoittuu Madagascar 3: Europe’s Most Wanted (2012) -animaatioseikkailun jälkeisiin tapahtumiin. Oman tarinansa saavat vuonna 2008 alkaneesta Madagascarin pingviinit -televisiosarjastakin tutut pingviinihahmot Kippari, Kowalski, Rico ja Alokas. Uudessa seikkailussa pingviinit yhdistävät voimansa salaisen Pohjoistuuli-organisaation kanssa estääkseen roistomaisen Tohtori Oktavious Brinen tuhoisat suunnitelmat.
Tarinan alussa juhlitaan Alokkaan synttäreitä hyvissä tunnelmissa. Alokas alkaa kuitenkin kokea olevansa tarpeeton ystävysten pingviinitiimille; hän on söpö, mutta ilman mitään erityistaitoja. Yhtäkkiä pingviinit kidnapataan ja kuljetetaan vedenalaiseen tukikohtaan Venetsiaan. Siellä he tapaavat Tohtori Oktavious Brinen, jonka todellisen identiteetin takaa löytyy mustekala Dave. Dave kuului aikoinaan eläintarhan ihailtuihin eläimiin, mutta pingviinien tulon myötä huomio siirtyi hänestä söpöihin uusiin tulokkaihin. Dave joutui siirtymään eläintarhasta toiseen jäätyään toistuvasti pingviiniasukkaiden varjoon. Nyt mustekala hautoo kostoa kaikille pingviineille. Heidän rikoksensa on heidän söpöytensä.
Pingviinit onnistuvat kuitenkin pakenemaan. Heidät pelastaa eri eläinlajeista koostuva Pohjoistuuli-järjestö. Joukon johtaja on susiagentti Salainen, jonka äänenä alkuperäisversiossa on Benedict Cumberbatch. Mustekala-Dave on saanut äänekseen John Malkovichin. Nämä nimet herättävät kiinnostuksen katsoa elokuvasta myös dubbaamaton versio. Mustekala on pysäytettävä ja jahtauksen lomassa myös Alokas saa tilaisuuden osoittaa kykynsä.
Tarina on täynnä kohelluksia ja kommelluksia. Pingviinit viihdyttävät ja hauskuuttavat; agenttimaiset pyörimiset ja juustonaksujen rouskuttaminen jäivät hupaisimpina mieleen. Erityisesti ystäväporukan nuorin, hellyttävä Alokas valloittaa sekä ulkoisella että sisäisellä söpöydellään.
Elokuvateattereissa esitetään suomeksi ja ruotsiksi puhutut versiot sekä alkuperäisäänin esitetty versio. Elokuvan voi katsoa joko 3D:nä tai 2D:nä.