Yksinään elelevän bostonilaisen rikosetsivä Thomas Cravenin ja hänen Emma-tyttärensä lämmin jälleennäkeminen saa ensin huolestuttavan käänteen ja muuttuu lopulta tragediaksi. Virallisen tutkimuslinjan mukaan Thomas Craven on jonkin aikaisemman juttunsa kostonhimoisen rikollisen tähtäimessä, mutta juttua isänä penkova Craven löytää tyttärensä elämästä uusia, salaisia ja pelottaviakin puolia.
Jäljet johtavat ensin sylttytehtaalle, Emman työpaikalle jättimäiseen mutta huippusalaiseen tutkimus- ja kehitysfirmaan, jolla on osansa myös Yhdysvaltojen kansallisessa turvallisuudessa. Sitä myötä Craven kaivaa tietään maan korkeimpaan hallintoon herättäen tahot, joiden tehtävänä on siivota kulissien takana naruja vetelevien tahojen kannalta kiusallista huomiota keräävät häiriköt.
Pimeyden ytimessä perustuu myös Martin Campbellin ohjaamaan samannimiseen, vuonna 1985 päivänvalon nähneeseen brittiläiseen tv-sarjaan. Sittemmin Campbell on ohjastanut muun muassa elokuvat GoldenEye (1995), Zorron naamio (1998), Zorron legenda (2005) ja Casino Royale (2006). Niiden tapaan elokuvaversio Pimeyden ytimestä korostaa toiminnallisuutta ja on ennemmin henkilökohtainen kostotarina kuin poliittinen kannanotto kuten sarja oli. Elokuva on omistettu viime vuonna kuolleelle sarjan käsikirjoittaja Troy Kennedy-Martinille, vaikka siitä on käytännössä karsittu kaikki hänelle tyypilliset new age -henkisyydet ja fantasian puolellekin harhailut.
Elokuva ei siis saavuta samanlaisia filosofisia ulottuvuuksia kuin sarja, eikä sen hahmoista saa yhtä syvää kuvaa. Osa sarjan hahmoista on kadonnut kokonaan ja Emma-tytärkin jää melko pintapuoliseksi tuttavuudeksi. Olisi kuitenkin epäreilua asettaa sarja ja elokuva samalle asteikolle, sillä ensin mainitulla oli kuusi tunnin jaksoa aikaa kertoa tarinansa, kun jälkimmäisen on mahdutettava kerrottavansa vajaaseen kahteen tuntiin. Kaiken lisäksi Pimeyden ytimessä -elokuvaversio toimii aivan mainiosti omillaan salaliittojännäreiden lajityypissä.
Heikoimmilla hetkillään Pimeyden ytimessä tuntuu isolla rahalla toteutetulta tv-jännäriltä, mutta silloinkin se pitää katsojan tiiviisti otteessaan, parhaimmillaan jopa henkeäsalpaavan jännityksen vallassa. Campbell malttaa keskittyä pitkiksi ajoiksi rikoksen selvittelyn vähemmän toiminnalliseen jalkatyöhön, jolloin väkivallan purskeet tuntuvat entistä yllättävämmiltä ja brutaalimmilta. Vasta lopussa räiskyttely on karata käsistä, kun Blackwater-turvafirman ylilyönnit Irakissa mieleen tuovan yleisen valtionhallinnon ja yksityisen voitontavoittelun kädenlyönti kuitataan kliseisesti muutaman psykopaatin vehkeilyksi.
Lähes koko ajan kuvassa oleva Thomas Craven ja siten koko elokuva on rakennettu sydämensä särkenyttä etsivää esittävän Mel Gibsonin harteille. Gibsonia ei ole nähty pääosassa elokuvissa sitten 2000-luvun alun. Hänessä kuitenkin ruumiillistuu tällaisissa tarinoissa tarvittavaa intensiivisyyttä, koostuuhan iso osa hänen viidennen vuosikymmenentensä avaava uransa henkilökohtaista vääryyttä kostavan periaatteen miehen rooleista. 54-vuotiaan tähden valkokangaskarisma on kestänyt yksityisselämän törttöilyt, eikä näyttelijää ajattele käytännössä hetkeäkään irrallisena roolihahmostaan.
Gibsonia tukevat hienosti Danny Huston ja Ray Winston, jotka ottavat kaiken irti hahmojensa yksiulotteisuudestakin. Hustonin lipevä jättifirman johtaja yhdistää hienosti narsistisen yli-ihmisen ahneeseen voitontavoittelijaan, ja Winston tekee uskottavan huvittavuuteen asti salaperäiseksi kirjoitetustaan jälkien siivoojastaan.