Salaperäinen rikollinen herättää henkiin Mysteerietsivien hirviövihollisia ja Shaggy ja Scooby-Doo yrittävät päästä eroon pelkurimaineestaan.
Mysteeri-jengi, pomokomistus Fred (Freddie Prinze Jr.), sporttinätistys Daphne (Sarah Michelle Gellar), nörttinero Velma (Linda Cardellini), koominen pelkuri Shaggy (Matthew Lillard) ja hänen samanlainen aisaparinsa, Scooby-Doo –koira ovat kotikaupunkinsa Coolsvillen sankareita. Suuressa näyttelyssä, jossa esitellään joukkion vangitsemia outoihin pukuihin pukeutuvien rikollisten naamiaisasuja, heidät kuitenkin nolataan TV-kameroiden edessä. Kun heidän feikkihirviövihollisensa yksi toisensa jälkeen heräävät henkiin oikeina hirviöinä, suosio laskee laskemistaan.
Shaggy ja Scooby-Doo katsovat ryhmän epäonnen omaksi syykseen, heillä kun on paha tapa menettää peloissaan kontrolli tiukoissa tilanteissa. He päättävät ryhtyä huippuetsiviksi – mikä tietysti vain johtaa uusiin hölmöilyihin, kaksikkoa kun ei ole varustettu älynlahjoilla edes yhtä olentoa varten. Shaggya esittävä Matthew Lillard on ilmalle näyttelemisen mestari. Hän on sisäistänyt elokuvan totaalipelleluonteen niin täydellisesti, että hänen naamanvääntelynsä saavat kanssakäymiset tietokoneanimaatiokoiran kanssa tuntumaan realismilta!
Elokuvan toinen sivujuonne on älykkö-Velman haparoiva romanssinpoikanen samanlaisen ujon ja älykkään museonjohtaja Patrickin kanssa, jota esittää Seth Green. Lemmenasioita ei edesauta se, että Patrick on yksi ykkösepäillyistä etsittäessä rikollista tiedemiestä, joka on keksinyt keinon herättää valehirviöt eloon oikeina. Tosin suurempi uhka alkavalle suhteelle on Velman ystävä Mysteeri-jengissä, Daphne, joka blondimaisesti hoitaa Velmalle make-overin tehdäkseen tästä omasta mielestään vetävämmän pakkauksen.
Kapuloita rattaisiin heittää myös Alicia Silverstonen esittämä TV-toimittaja, joka ehdoin tahdoin tuntuu haluavan tuhota Mysteeri-jengin maineen. Mutta suurimman osan ajasta viisikko kohtaa erilaisia efektihirviöitä ja reagoi niihin omalla tavallaan. Fred machoilemalla, Daphne Buffy vampyyrintappajasta tutuin taisteluliikkein, Velma älyllisesti sekä Shaggy ja Scooby-Doo kiljumalla ja juoksemalla karkuun.
Scoopy-Doo 2 on aivotonta kohellusta tietokonetehosteiden keskellä, mutta onneksi niin hölmö, että se alkaa jo viihdyttää. Tietokoneilla toteutetut hirviöt, jotka elokuvan pahis herättää henkiin mysteerietsiväpäähenkilöiden kiusaksi, on toteutettu hyvin. Pääosien esittäjille riittää, että he näyttävät sarjakuvaesikuviltaan, näyttelytaitoja he eivät tarvitse. Tökerö suomidubbaus häiritsee, mutta leffassa on hieman viihdettä niin lapsille kuin aikuisillekin.