Pieni Amélie kertoo Japanissa syntyneestä belgialaistytöstä, joka viettää ensimmäiset vuotensa liikkumatta ja kommunikoimatta. Kun hän havahtuu tilastaan, hän alkaa hahmottaa maailmaa, jossa hän ei olekaan kaiken keskipiste. Uuden ystävän myötä hänen löytöretkensä kattaa niin elämän ilot kuin tragediatkin.